PERIODO COLONIAL
Tras las exportaciones y descubrimientos, la Corona española se decide a conquistar efectivamente la cuenca Río de la Plata, sobre todo, movidos por la necesidad de neutralizar los avances de los portugueses desde Brasil y por el deseo de llegar a Perú (región del oro y la plata) por un camino que creían más fácil.
En 1534 el emperador Carlos V (I de España) le encomienda a D. Pedro de Mendoza la dirección de una expedición de conquista de los territorios del río de la Plata. Pedro de Mendoza es designado primer Adelantado. La expedición arribó al estuario del río de la Plata a fines de 1535. El 2 de febrero de 1536 funda el fuerte de Nuestra Señora Santa María del Buen Aire. El capitán Juan de Ayolas remontó el Paraná y fundó Corpus Christi el 15 de junio de 1536. El 15 de agosto de 1537, el capitán Juan de Salazar funda a orillas del río Paraguay el fuerte de Nuestra Señora de Asunción, que en pocos años se convirtió en el centro de irradiación de los conquistadores. Pedro de Mendoza, tras fundar Nuestra Señora de la Esperanza regresó a Santa María del Buen Aire donde se sintió enfermo y decidió volver a España, muriendo en el viaje.
La Corona promulgó la Real Cédula del 12 de septiembre de 1537 que facultó a los conquistadores a designar gobernador por votación. Domingo Martínez de Irala, dejado por Ayolas como lugarteniente, tras la muerte de éste último, fue nombrado gobernador por la colonia y aceptado por el emperador Carlos V.
Irala decidió abandonar las poblaciones del Río de la Plata y concentrar sus efectivos en Asunción, debido a que estaba más cerca del Perú (objetivo fundamental de la expedición hasta el momento) y debido también a que en las cercanías de esa ciudad los españoles hallaron una población guaraní amistosa, que distaba mucho de la hostilidad indígena de la región de Buenos Aires. Asunción fue convertida en ciudad el 12 de septiembre de 1541 asumiendo la capitalidad de la conquista. A partir de aquí se suceden varios gobernadores, que desde Asunción continúan con el descubrimiento y colonización del Río de la Plata.
Los sucesores de Martínez de Irala, al frente de la provincia y partiendo de Asunción, hicieron numerosas expediciones y fundaron nuevas ciudades: en el oriente, Ontiveros, Villa Rica del Espíritu Santo, Ciudad Real y Santiago de Xerez; en el occidente, Santa Cruz de la Sierra y Nueva Asunción; a lo largo del litoral, Corrientes, Santa Fe y Buenos Aires (segunda fundación en 1580, llevada a cabo por diez españoles y cincuenta mestizos paraguayos). Esto le ha valido a Asunción el calificativo de madre de ciudades.
En 1597, es elegido Hernando Arias de Saavedra, también conocido como Hernandarias, siendo el primer americano que avenía al gobierno. Promulgó las primeras ordenanzas de los indios, en las que establecía las obligaciones de los encomendadores sobre tratamiento, cuidado, educación, etc. Hernandarias pide al Rey el envío de sacerdotes para convertir y civilizar a los guaraníes. Los primeros en llegar a Paraguay fueron los franciscanos quienes, a diferencia de los jesuitas, no establecieron jurisdicciones separadas e independientes del poder político y civil de la colonia.
Bajo el gobierno de Hernandarias, llegan al Paraguay los jesuitas para contribuir a la tarea de pacificación de los indígenas, dando así origen a las célebres reducciones Jesuíticas. Desde 1604 a 1767 los jesuitas realizan con los indios guaraníes de Paraguay un original gobierno teocrático. Las reducciones jesuitas llegaron a constituir un estado prácticamente independiente, ya que tenían autonomía respecto a los gobernadores de Asunción. Las misiones llegaron a cobijar a más de un cuarto de millón de indígenas donde se les enseñaba la religión católica, agricultura, artesanía y pequeña industria.
La organización total abarcó 32 reducciones. Las misiones primero se instalaron en el Guairá y luego se establecieron entre los ríos Tebicuary y Uruguay. La lengua guaraní fue respetada y se fijó en forma escrita; en ella fueron vertidas importantes obras de teología, impresos en la primera imprenta del Río de La Plata.
Respecto a la organización de las reducciones, cada pueblo estaba regido por el cura Rector, máxima autoridad; el cura Doctrinero, encargado de la instrucción religiosa; el cura Despensero, encargado de la administración económica; y el cura Auxiliar o Coadjuntor, que era el nexo entre el Rector y la Población.
En 1617, durante el gobierno de Hernandarias se produjo la división de la Provincia en dos gobernaciones: la del Paraguay y la de Buenos Aires. De esta forma Paraguay perdió la zona marítima del estuario del Río de La Plata, y conservó solo Asunción, Ciudad Real y Villa Rica.
En 1750, el tratado de límites entre España y Portugal, afectó a Paraguay con las pérdidas de Guairá, Itatín y Cuyabá que fueron cedidos a Portugal a cambio de la colonia del Sacramento, en la ribera del río Uruguay.
En 1750, la corte española de acuerdo con la corona portuguesa decidieron repartirse el territorio de las reducciones. Los jesuitas se negaron a ello, dando lugar a que los ejércitos español y portugués acabaran con su resistencia en 1757.
En 1767 los jesuitas son expulsados de España y sus dominios por orden de Carlos III. Las reducciones pasaron a ser dirigidas por grupos seglares y religiosos, pero entraron en un proceso de decadencia.
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